《使徒行者3》延续了该系列经典的卧底题材，剧情时间线交织于第一部之前与之后，编织出一张更为庞大的关系网。爆seed重出江湖，不仅要面对新的犯罪势力与内部调查，更与“已故”的丁小嘉（佘诗曼饰）产生命运交集，情感线再掀波澜。卓凯身陷监狱，其真实动机成谜；CIB新主管韦作荣手段凌厉，身份扑朔迷离；欢喜哥（许绍雄饰）归来，亦正亦邪。与此同时，新角色庞浩洋代表的社团势力试图“企业化”转型，与警方展开微妙周旋，而保安局官员章纪孜（黄智雯饰）的加入，以其理性至上的数据分析，为传统的卧底行动带来新的变数与冲击。本剧在多条故事线并进中，深入探讨了卧底警察在使命、友情、爱情间的挣扎与抉择，黑白界限不断被挑战。众角色在忠诚与背叛的漩涡中寻找出路，最终指向一个关乎所有人命运的惊天阴谋，将悬疑与情感张力推向顶峰。