《少年骇客：全面进化》延续了《Ben 10》系列的科幻冒险主线，但将时间线向前推进。故事的核心创新在于在11岁的田小班（紧接《Ben 10》结局）与16岁的田小班（承接《终极异形》数月后）两条时间线之间交替叙事，展现了主角不同成长阶段的冒险与挑战。在16岁的时间线里，随着田小玟和凯文的暂时离开，田小班迎来了一位截然不同的新搭档——笨拙却心地善良的外星水管工戮克。他们的主要舞台转移至了隐藏在贝尔伍德市地下的庞大外星移民城市“Undertown”。这座错综复杂、充满各类外星种族与文化的城市，成为了无数新冒险、新威胁和新谜团的发源地。影片深入探索了少年英雄的成长议题，面对更复杂的星际社会关系和更强大的敌人，小班必须学习信任新伙伴，适应新的责任。同时，两条时间线的交织对比，巧妙地揭示了主角性格与能力的演变轨迹，为粉丝呈现了一个更加立体和成熟的少年骇客世界。